Këshilli i Drejtimit siguron drejtimin e punës së IKM në periudhen midis dy Mbledhjeve të Asamblesë, bazuar në Statutin e IKM, në përputhje me aktet ligjore e nënligjore në fuqi dhe vendimet e Asamblesë së Përgjithshme, së cilës i raporton për veprimtarinë e tij.
Përbërja aktuale e Këshillit të Drejtimit është:
Kryetar:
Prof. Dr. Sotiraq Dhamo
Zv. Kryetar:
Fatmir Bërdica
Anëtarë:
Arben Hasani
Polikrat Kuri
Era Halili
Leonora Dyrmishi (Shella)
Koço Llukmani